Assurance maladie auto-entrepreneur : vos droits réels en 2026

Un médecin vous arrête quinze jours, et vous découvrez le montant réellement versé. Voici ce que le régime couvre en micro-entreprise, ce qu’il ne couvre pas, et à partir de quel chiffre d’affaires vos indemnités cessent d’être symboliques.

L’assurance maladie de l’auto-entrepreneur est la couverture du régime général dont relève tout micro-entrepreneur depuis la suppression du RSI : elle rembourse les frais de santé aux mêmes taux que pour un salarié et verse des indemnités journalières, mais celles-ci sont calculées sur un chiffre d’affaires diminué d’un abattement forfaitaire, et peuvent être nulles. Tout se joue sur la fin de la phrase. C’est l’abattement qui fixe le niveau réel de votre couverture.

Depuis la fin du RSI, vous relevez du régime général

Le RSI n’existe plus : l’article 15 de la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2018 l’a supprimé et transféré au régime général. Votre interlocuteur est la CPAM, vos cotisations passent par l’Urssaf et vos frais de santé sont remboursés aux mêmes taux qu’un salarié. Les règles de calcul, elles, restent propres aux indépendants.

Vos cotisations sont prélevées sur le chiffre d’affaires déclaré, à un taux qui dépend de l’activité : 12,3 % en vente de marchandises, 21,2 % en prestations de services BIC, 25,6 % en libéral non réglementé, 23,2 % à la Cipav (taux 2026, hors versement libératoire). Ce taux unique finance la maladie-maternité, les indemnités journalières, la retraite, l’invalidité-décès et la CSG-CRDS.

Sans chiffre d’affaires, pas de cotisation, donc pas de droits. Et ce paquet ne contient ni assurance chômage, ni accident du travail. À ne pas confondre avec la RC professionnelle ou la décennale : elles protègent vos clients, pas votre revenu, et font l’objet d’un article dédié.

Indemnités journalières : trois conditions avant de parler montant

Pour être indemnisé en arrêt maladie, il faut 12 mois d’affiliation continue, un arrêt prescrit par un médecin et la cessation effective du travail. La première condition écarte toute votre première année : un arrêt au dixième mois ne donne droit à rien.

S’ajoute une condition de revenu, décisive. Votre revenu d’activité annuel moyen, calculé sur les trois années civiles précédentes, doit atteindre 4 582 € (montant 2026). En dessous, l’indemnité est nulle : vous cotisez, vous êtes en règle, et vous ne touchez rien.

Vient la carence : rien pendant les trois premiers jours, versement à partir du 4^e. Trois exceptions : prolongation après une reprise de 48 heures au plus, première affection de longue durée sur trois ans, fausse couche. La durée est plafonnée à 360 indemnités journalières sur trois ans. Si vous relevez de la Cipav, l’Assurance Maladie n’indemnise que les 90 premiers jours.

Le calcul : pourquoi l’abattement forfaitaire vide vos indemnités

L’indemnité vaut 1/730^e de votre revenu annuel moyen. Or ce revenu n’est pas votre chiffre d’affaires : l’Assurance Maladie applique d’abord votre abattement forfaitaire, 71 % en vente, 50 % en prestations de services BIC, 34 % en libéral. Vous ne gardez que 29 %, 50 % ou 66 % de vos encaissements avant la division par 730.

Le seuil de 4 582 € devient un plancher d’activité : environ 15 800 € de chiffre d’affaires annuel moyen en vente, 9 164 € en prestations de services, 6 943 € en libéral. Un prestataire à 12 000 € ouvre un droit, mais son revenu retenu tombe à 6 000 €, soit 8,22 € par jour.

L’indemnité est par ailleurs plafonnée à 65,84 € bruts par jour en 2026, le revenu retenu étant limité au plafond annuel de la Sécurité sociale (48 060 €). Un prestataire en micro ne peut jamais l’atteindre : au plafond du régime (83 600 €), l’abattement de 50 % ramène le revenu à 41 800 €, soit 57,26 € par jour au mieux. L’abattement qui allège vos cotisations réduit votre couverture d’autant.

Maternité et paternité : des forfaits, pas un revenu de remplacement

Ici, le régime raisonne en forfaits, ce qui joue en votre faveur. La travailleuse indépendante perçoit une allocation forfaitaire de repos maternel de 4 005 € en 2026, égale au plafond mensuel de la Sécurité sociale et versée en deux fois, plus une indemnité journalière forfaitaire de 65,84 €. Il faut 6 mois d’affiliation à la date présumée de l’accouchement et un arrêt d’au moins 8 semaines, dont 6 après.

La règle de revenu réapparaît : sous 4 582 € de revenu annuel moyen, allocation et indemnités tombent à 10 % de leur montant, soit 400,50 € et 6,58 € par jour. Le congé de paternité suit la même logique — 65,84 € par jour, 6 mois d’affiliation, cessation d’activité déclarée, même minoration — dans les six mois suivant la naissance.

Invalidité, décès, chômage, accident du travail : le vrai et le faux

L’invalidité existe. Capacité de travail ou de gain réduite d’au moins deux tiers, 12 mois d’affiliation, âge légal de la retraite non atteint : vous pouvez prétendre à une pension de 30 % du revenu annuel moyen en incapacité partielle, 50 % en incapacité totale, majorée si une tierce personne est nécessaire. Sur un revenu déjà amputé de l’abattement, le compte est vite fait. Un capital décès est prévu pour vos ayants droit.

En revanche, vous ne cotisez pas à l’assurance chômage. L’allocation des travailleurs indépendants existe, mais son accès est étroit : deux ans d’activité continue dans la même entreprise, cessation pour liquidation ou redressement judiciaire — ou activité non viable avec une baisse de chiffre d’affaires d’au moins 30 % —, plus de 10 000 € de revenus sur l’une des deux dernières années, ressources sous 651,69 € par mois. Montant : 26,30 € par jour pendant 182 jours.

Enfin, il n’existe pas de branche accident du travail : une chute sur un chantier est traitée comme une maladie ordinaire, même carence, même calcul. Vous pouvez souscrire volontairement une assurance individuelle accident du travail auprès de la CPAM.

Combler les trous : prévoyance individuelle et cumul salarié

La prévoyance individuelle est le seul outil qui comble ces manques : indemnités journalières complémentaires, rente d’invalidité, capital ou rente au décès. Quatre points avant de signer :

• la franchise, soit le nombre de jours d’arrêt non indemnisés ;
• la définition de l’incapacité retenue au contrat ;
• les exclusions et le délai d’attente à l’adhésion ;
• l’articulation avec les indemnités de la Sécurité sociale.

La définition de l’incapacité est le point le plus piégeux : un contrat qui indemnise dès que vous ne pouvez plus exercer votre profession ne vaut pas celui qui exige l’impossibilité d’exercer toute activité. Vérifiez les exclusions habituelles, affections dorsales et psychiques en tête, et demandez le tableau de garanties. Côté fiscalité, le dispositif Madelin — auquel nous consacrons un article, comme au calcul de son plafond — permet à certains indépendants de déduire ces cotisations ; mais au régime micro-fiscal, l’abattement tient déjà lieu de déduction de frais. Faites trancher ce point par votre expert-comptable.

Reste le cumul avec un emploi salarié. Vous cotisez dans les deux régimes, mais vos prestations en espèces relèvent du régime de l’activité exercée avant le cumul : salarié devenu auto-entrepreneur, c’est le régime salarié qui indemnise ; dans le cas inverse, ce sont les règles des indépendants. Une option pour l’autre régime est possible : tranchez avant d’en avoir besoin.

Vos questions, nos réponses

Un auto-entrepreneur a-t-il droit aux indemnités journalières ?

Oui, sous conditions strictes. Il faut 12 mois d’affiliation continue, un arrêt prescrit, la cessation effective de l’activité et un revenu d’activité annuel moyen d’au moins 4 582 € sur les trois dernières années civiles. Ce revenu s’entend après l’abattement forfaitaire de 71 %, 50 % ou 34 % : un prestataire de services doit donc déclarer de l’ordre de 9 164 € de chiffre d’affaires annuel moyen pour franchir le seuil. En dessous, l’indemnité est nulle. S’ajoutent trois jours de carence.

Combien touche-t-on en arrêt maladie en micro-entreprise ?

L’indemnité vaut 1/730^e du revenu annuel moyen des trois années civiles précédentes, après abattement forfaitaire. Exemple : 12 000 € de chiffre d’affaires annuel en prestations de services donnent 6 000 € de revenu retenu, soit 8,22 € par jour. Le maximum est de 65,84 € bruts par jour en 2026, le revenu retenu étant plafonné au plafond annuel de la Sécurité sociale (48 060 €). Un prestataire en micro ne peut pas l’atteindre : au plafond de chiffre d’affaires du régime, l’abattement de 50 % limite l’indemnité à 57,26 €.

Un auto-entrepreneur a-t-il droit au chômage ?

Non, pas au titre de son activité : aucune cotisation d’assurance chômage n’est prélevée sur votre chiffre d’affaires. Un dispositif limité existe, l’allocation des travailleurs indépendants, à 26,30 € par jour pendant 182 jours. Elle exige deux ans d’activité continue dans la même entreprise, une cessation pour liquidation ou redressement judiciaire — ou une activité non viable, avec une baisse de chiffre d’affaires d’au moins 30 % —, plus de 10 000 € de revenus sur l’une des deux dernières années et des ressources sous 651,69 € par mois.

Faut-il souscrire une prévoyance quand on est auto-entrepreneur ?

Ce n’est pas obligatoire, contrairement à certaines assurances liées à votre métier. C’est en revanche le seul moyen de compenser trois faiblesses du régime : des indemnités journalières calculées sur un revenu après abattement, une pension d’invalidité limitée à 30 % ou 50 % de ce même revenu, et l’absence de couverture accident du travail. Examinez la franchise, la définition de l’incapacité, les exclusions et le délai d’attente. Attention : au régime micro-fiscal, l’abattement tient lieu de déduction de frais. Faites valider ce point par votre expert-comptable.